استنادًا إلى مبدأ التكامل بين القطاعين العام والخاص في المملكة العربية السعودية في تقديم خدمات التعليم العالي، تشجع وزارة التعليم العالي التعليم الخاص في جميع التخصصات الأكاديمية. وقد شجع صاحب السمو الملكي الأمير فهد بن سلطان، أمير منطقة تبوك، المستثمرين على إنشاء جامعة خاصة لنشر الثقافة والتعليم في مدينة تبوك، التي تتمتع بموقع جغرافي مميز يخدم المنطقة وما حولها.
تم تأسيس جامعة الأمير فهد بن سلطان في عام 1424 هـ في مدينة تبوك، حيث بدأت بكليّة واحدة هي كلية الحاسبات. وفي بداية العام الدراسي 1427-1428 هـ، تم إضافة فرع للبنات، تلاه إضافة كليّتي الهندسة وإدارة الأعمال في العام الدراسي 1428-1429 هـ.
تتولى إدارة الجامعة مجلس أمناء يرأسه صاحب السمو الملكي الأمير فهد بن سلطان بن عبد العزيز، ويتكون من خمس كليات تقدم ثمانية برامج دراسات بكاليروس في أحد عشر تخصصًا، بالإضافة إلى ستة برامج دراسات عُليا تمنح درجة الماجستير في أكثر من خمسة عشر مسارًا (تخصصًا).
